O Departamento de Agronegócios ligado à SEMDES tem dentre suas principais atribuições apoiar e promover a industrialização de produtos agropecuários, com o objetivo de apoiar projetos e a implantação de empreendimentos coletivos e agroindustriais e da comercialização da produção dos assentados da reforma agrária; apoiar a adequação, recuperação e ampliação, modernização de agroindústrias da produção agropecuária e extrativista, apoiar projetos de adequação e regularização sanitária de produtos e sub-produtos das agroindústrias.
Auxiliar na estruturação de circuitos de comercialização, viabilizar a organização e regularização dos empreendimentos produtivos coletivos e, aumentar as condições e opções de geração de trabalho e renda para o público alvo, bem como agregar valor ao produto final, como consequência melhorar a condição de vida do homem do campo.
O público alvo são famílias de pequenos, médios e grandes produtores, além de associações e cooperativas organizadas.